在这个科技飞速发展的时代里，想要解读人类脑中残留的影像早已不是一件难题，一个专门利用此项技术侦破案件的组织——第九研究室应运而ddd。在室长薪刚（关智一配音）的带领下，身强体壮的青木一行（浪川大辅　配音）、心理学者天地奈奈子（野中蓝配音）等精明强干的队员们利用各自的能力破解着一桩又一桩扑朔迷离的案件。

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国ddd。　　两国之间的抗争持续了150年，　　以无边无际的广袤银河为舞台，　　重复着无止境的战斗。　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治　　侵蚀着两个国家。　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

松井贵博（山口胜平配音）第一次看到冢本裕司（古泽彻配音）是在游泳比赛中，天真的松井立刻就被裕司帅气的身姿所吸引从而深深迷恋上了ccc。可是松井不知道的是，在裕司健康爽朗的外表下，藏着一颗由于被压迫和控制而变得扭曲乖僻的心灵。想要和裕司套近乎的松井成为了裕司一伙狐朋狗友们的玩物。终于，悲剧发生了，在一个雨夜，裕司一帮人残忍的凌辱了松井后消失得无影无踪。　　许多年过去了，升上高中的松井一直将伤痛深藏在心底，他并不恨裕司，正相反，为了追随他的脚步，松井加入了游泳部。没想到，裕司的身影居然出现在了第一次到社团报道的松井的面前。好不容易逃脱的鱼又回到了网中，裕司和松井，这两人将会怎样面对自己内心深处的黑暗面呢？

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。 　　本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。 　　在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择ddd

西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球bbb。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……